Em 1750, colonos portugueses vindos da ilha da Madeira e dos Açores instalaram-se na região. Tornou-se um povoado em 1823 e distrito em 31 de março de 1833, e, no final do século XIX, recebeu um grande número de imigrantes alemães e imigrantes italianos.
Embora só tenha sido fundada em 15 de junho de 1860, a colonização de Itajaí começou em 1658. O primeiro sesmeiro da região foi João Dias Arzão, que em 1658 recebeu uma sesmaria em frente ao Rio Itajaí-Mirim
Em 1880 e 1911 aconteceram os piores cataclismos registrados em Itajaí, porém a mais conhecida enchente deu-se nos anos de 1983 e 1984, sendo que no dia 22 de novembro de 2008, houve outra enchente, a qual foi a mais catastrófica (atingiu mais de 90% do território do Município[6]).
No período de 1883 e 1884 registra-se também a emancipação político-administrativa de Blumenau, até então pertencente a Itajaí.
Itajaí é um nome tupi oriundo da palavra Tajahy, que significa “Rio dos Taiás”, uma planta comestível da família das aráceas; outra tese seria Tajá alusão ao nome Taió, pois existe documentos referindo-se ao Morro do Taió na época da corrida bandeirante pelo ouro. A preocupação com a explicação mais acertada do seu significado já atravessa cem anos, envolvendo importantes estudiosos brasileiros e estrangeiros; todos eles trazem sua interpretação que, com poucas variações, tem sido “rio das pedras” ou “rio dos taiás”
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